Ветеринарные врачи все чаще диагностируют случаи нарушения работы иммунной системы. Такие нарушения приводят к заболеваниям, которые можно разделить на две большие группы: аллергии и аутоиммунные заболевания (некоторые аутоиммунные заболевания описывают как «иммунно-опосредованные», но различие между этими двумя терминами до конца не выяснено.)

Аллергии
Представляют собой повышенную реакцию иммунной системы на неинфекционные агенты.

Аутоиммунные заболевания
При аутоиммунном заболевании иммунная система обрушивает всю свою разрушающую мощь скорее на нормальные клетки организма, чем на чужеродный агент. При этих заболеваниях иммунная система повреждает или разрушает такие важные ткани организма, как красные клетки крови, клетки кожи и щитовидной железы. При некоторых иммуно-опосредованных состояниях антигены (чужеродные субстанции или частицы микроорганизмов), циркулируют в организме с прикрепленными к ним антителами и «поселяются» там, где их не должно быть, например, на стенках кровеносных сосудов. Такие соединения (комплексы антиген-антитело, или иммунные комплексы) способны вызывать воспаление и повреждение тканей.