Самая частая причина заболеваний собак — инфицирование микроорганизмами. Обычно известные как патогенные, эти организмы могут проникнуть в организм собаки различными путями. Некоторые вдыхаются или проглатываются с пищей или водой; другие могут проникнуть через поврежденную кожу. При проникновении патогенных организмов в организм они попадают в кровь и способны поразить как многие органы одновременно, так и один определенный орган, например, печень или кишечник. Патогенные микроорганизмы размножаются в организме собаки, нарушая нормальные функции его органов и тканей, вызывая развитие заболеваний.

Инфекция разовьется с большей вероятностью, если количество возбудителя велико, или если снижена иммунная защита собаки, что может наблюдаться при хронических заболеваниях или старости. Существует много типов микроорганизмов, вызывающих инфекционные заболевания — в частности, вирусы, бактерии и грибы.

Вирусы
Вирусы — самые мелкие микроорганизмы. Они состоят из одинарной или двойной нити генетического материала, окруженного протеиновой Оболочкой, иногда с защитным наружным слоем. Вирусы проникают в живые клетки и воспроизводятся в них, отбирая функции захваченной клетки.

Такие серьезные заболевания, как бешенство, чума, вызываются вирусами. Так как вирусные инфекции трудно поддаются лечению, собак необходимо регулярно вакцинировать против наиболее распространенных вирусных заболеваний.

Бактерии
Бактерии — одноклеточные организмы. Некоторые бактерии, вызывающие заболевания, проникают в клетки тела и воспроизводятся в них; другие вызывают заболевания, вырабатывая яды, которые убивают или разрушают клетки.

Лептоспироз — серьезное заболевание, поражающее печень и почки, которое опасно и для человека. Инфекционные заболевания, вызванные бактериями, как правило, лечат с помощью антибиотиков.

Грибы
Грибы, в частности, дрожжевидные, также могут вызывать заболевания у собак. Например, при бластомикозе споры гриба вдыхаются или проникают через кожу и распространяются по организму, поражая легкие, суставы, кожу, глаза.

Инфекции, вызванные грибами, лечат с помощью антигрибковых (фунгицидных) препаратов.

Заражение паразитами
Размеры паразитов сильно варьируют: от микроскопических одноклеточных организмов до кишечных ленточных глистов длиной несколько метров. Паразиты приспособились жить, добывая себе пропитание из организма животного и в нем же воспроизводясь.

В иммунной системе собак имеются специальные механизмы для борьбы с инвазией (заражением); современными исследованиями показано, что при заражении паразитами в щенячьем возрасте вырабатывается иммунитет собаки к данному паразиту в более зрелом возрасте. Большинство паразитарных заболеваний собак легко излечиваются соответствующими лекарственными препаратами.